Aan het begin van de oorlog wordt het hoofdkantoor van de SMN van Amsterdam naar Batavia (Jakarta) verplaatst. Enkele belangrijke directieleden waren al voor de Duitse invasie uitgeweken naar Batavia.

Als Japan zich in 1941 in de oorlog mengt, verhuist het hoofdkantoor hals over kop naar Curaçao. Volgens de regels moet het bedrijf op Nederlands grondgebied gevestigd blijven. De directie van de SMN wordt overgeplaatst naar New York. Van daaruit worden alle reizen van de SMN schepen wereldwijd gecoördineerd.
Nederlands-Indië wordt uiteindelijk in maart 1942 door Japan aangevallen, voornamelijk vanwege de rijke oliebronnen die vooral nu tijdens de oorlog zo belangrijk zijn. Nederlands-Indië is op dat moment de op drie na grootste exporteur van olie.

De laatste geallieerde schepen, waaronder die van de SMN, vluchten in 1942 met veel mensen aan boord uit Tjilatjap (Java). Eén van de vluchtende schepen, de Poelau Bras, wordt achterhaald door Japanse bommenwerpers en tot zinken gebracht. Daarbij komen 250 mensen, zowel burgers als marinemensen, om. Andere schepen hebben meer geluk.

Al snel richten de Japanners kampen in waar alle Europeanen geinterneerd worden. Dit zijn de beruchte ‘Jappenkampen’. Ook SMN medewerkers en zeevarenden, voor zover ze geen kans zien weg te komen, worden gevangen gezet en moeten vaak dwangarbeid verrichten.

-17 SMN mededwerkers zullen de Jappenkampen en de dwangarbeid niet overleven.

Lees verder: Rampjaar 1943 en kentering